Aplicações de modelos computacionais de análise de dados biomédicos em plataformas de dispositivos móveis

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Data

2020

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Universidade Brasil

Resumo

Este trabalho desenvolve o CNN­Pulmona e o CNN­Cardio, implementações de mode los computacionais para otimização de análise de dados biomédicos de radiografia de tórax (CXR) e eletrocardiograma (ECG), respectivamente, implementáveis em platafor mas de dispositivos móveis, além de uma comparação de vários métodos de compres são de sinais. O CNN­Pulmona é uma abordagem para a classificação de imagens de radiografias de tórax em três classes: pneumonia bacteriana, pneumonia viral (Covid 19 ou outro tipo) e pulmão normal. Emprega­se Redes Neurais Convolucionais, a partir de redes pré­treinadas em conjunto com um processo de quantização, por meio o mé todo da plataforma TensorFlow Lite, com o que se reduz o custo computacional. Usa se o método de classificação em cascata, que possibilita a divisão das classificações em diferentes estágios; dessa forma, foi possível obter 99,16% de precisão na classi ficação de imagens com suspeita de Covid­19. O aplicativo móvel resultante também apresenta uma interface de usuário simples e intuitiva. No CNN­Cardio, é proposto um novo método para classificar sinais de eletrocardiograma em dispositivos móveis, que pode classificar diferentes arritmias de acordo com o padrão EC57 da Association for the Advancement of Medical Instrumentation. Uma rede neural convolucional foi cons truída, treinada e validada com o conjunto de dados de arritmia MIT­BIH, em que essa base de dados possui 5 classes diferentes: batimento normal, batimento supraventricu lar prematuro, contração ventricular prematura, fusão de batimento ventricular, normal e batimento inclassificável. Depois de treinado e validado, o modelo é submetido a um estágio de quantização pós­treinamento usando o método de conversão TensorFlow Lite. Os resultados obtidos foram bem satisfatórios, antes e após a quantização; a rede neural convolucional obteve uma acurácia de 99%. Com a técnica de quantização, foi possível obter uma redução significativa no tamanho do modelo, possibilitando assim o desenvolvimento do aplicativo móvel; essa redução foi de aproximadamente 90% em relação ao tamanho do modelo original. Adicionalmente, comparou­se o compor tamento de diferentes sinais, quando aplicados a diferentes técnicas de compressão, de modo a testar e encontrar as melhores técnicas de compressão para diferentes tipos de sinais biomédicos, comprovando também que diferentes tipos sinais biomé dicos se comportam de maneira distinta em diferentes tipos de compressão de sinais biomédicos; os resultados desta comparação de métodos de compressão de sinais fo ram bastante satisfatórios, demonstrando que diferentes tipos de compressão podem ser usados em sinais biomédicos, para obter melhores resultados de desempenho e qualidade em sua transmissão.

Abstract

This work develops CNN­Pulmona and CNN­Cardio, implementations of computational models for optimization of analysis of biomedical data from chest radiography (CXR) and electrocardiogram (ECG), respectively, deployable in mobile device platforms, in addition to a comparison of several methods of signal compression. CNN­Pulmona is an approach for classifying chest X­ray images into three classes: bacterial pneumo nia, viral pneumonia (Covid­19 or other type) and healthy lung. Convolutional Neural Networks are used, based on pre­trained networks in conjunction with a quantization process, by means of the TensorFlow Lite platform method, thereby reducing the com putational cost. The cascade classification method is used, which makes it possible to divide the classifications into different stages; thus, it was possible to obtain 99.16% ac curacy in the classification of images with suspicion of Covid­19. The resulting mobile application program also features a simple and intuitive user interface. In CNN­Cardio, a new method to classify electrocardiogram signals on mobile devices is proposed, which can classify different arrhythmias according to the EC57 standard of the Asso ciation for the Advancement of Medical Instrumentation. A convolutional neural net work was built, trained and validated with the MIT­BIH arrhythmia dataset, in which this database has 5 different classes: normal beat, premature supraventricular beat, pre mature ventricular contraction, ventricular beat fusion, normal and unclassifiable beat. After being trained and validated, the model is submitted to a post­training quantization stage using the TensorFlow Lite conversion method.The results obtained were very sat isfactory, before and after quantization; the convolutional neural network obtained an accuracy of 99%. With the quantization technique, it was possible to obtain a significant reduction in the size of the model, thus enabling the development of the mobile applica tion; this reduction was approximately 90% in relation to the size of the original model. Additionally, the behavior of different signals was compared, when applied to different compression techniques, in order to test and find the best compression techniques for distinct types of biomedical signals, also proving that different types of biomedical sig nals behave distinctly in different types compression of biomedical signals, the results of this comparison of signal compression methods were very satisfactory, demonstrating that different types of compression can be used on signals for better results.

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Palavras-chave

Pneumonia, COVID-19, Arritmia, Compressão, Imagens

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